Scott Michelle

Professeur régulier
Département de biochimie et de génomique fonctionnelle
Université de Sherbrooke

Coordonnées

Courriel : Michelle.Scott@USherbrooke.ca
Téléphone : 819-821-8000, poste : 72123

Importance de la recherche

Transcriptomique et petits ARN nucléolaires

Transcriptomique

Le RNA-seq a révolutionné les études transcriptomiques, permettant en théorie la détection et la quantification simultanée de tous les ARN cellulaires et donc une compréhension beaucoup plus claire de l'expression des gènes. Cependant, les méthodologies standards pour faire les librairies de séquençage et les pipelines informatiques d’analyse des données brutes résultantes n’ont été vraiment optimisées que pour les ARN messagers (mRNA) et les micro ARN. La majorité des ARN non-codants, dont les petits ARN nucléolaires (snoRNA), les petits ARN nucléaires (snRNA), les ARN de transfert (tRNA), les longs ARN non-codants et bien d’autres sont ‘invisibles’ dans la majorité des études de séquençage, bien qu’ils représentent les ARN les plus abondants des cellules. Cependant, un nombre sans cesse croissant d’études indique des rôles de plus en plus divers dans la régulation de l’expression des gènes pour la majorité de ces ARN. Il devient donc impératif de comprendre la régulation de leur expression, leur relation avec les ARNm et leur place réelle dans le fonctionnement cellulaire. Notre groupe de recherche caractérise l’expression des gènes par l’analyse d’ensembles de données de transcriptomique et par analyse des motifs de séquence et des éléments structuraux importants pour cette régulation. À ce jour, nous avons
-construit un pipeline d’analyse pour quantifier de façon précise les ARN non-codants et particulièrement ceux encodés dans des introns de gènes hôtes et ceux présents de multiples fois dans le génome (par exemple snoRNA, snRNA) : http://gitlabscottgroup.med.usherbrooke.ca/scott-group/coco ;
-construit un outil pour la prédiction de G-quadruplex d’ARN, éléments structurels régulateurs du transcriptome : http://gitlabscottgroup.med.usherbrooke.ca/J-Michel/g4rna_screener;
-construit un outil web pour la visualisation de la régulation de l’inclusion de domaines et motifs protéiques par épissage alternatif (http://scottgroup.med.usherbrooke.ca/splee/);
-nous caractérisons également les profils de liaison de protéines liant les ARN (RBP) sur les transcrits et leurs effets régulateurs ;
-nous intéressons à l’amélioration et la personnalisation des annotations des transcriptomes pour assurer une quantification exacte de l’expression des gènes.

Les outils et les méthodologies que nous proposons améliorent la quantification des données de transcriptomique et mèneront à une meilleure compréhension du transcriptome et de l’expression des gènes.



Petits ARN nucléolaires

Les petits ARN nucléolaires (snoRNA) sont des ARN non-codants de grosseur intermédiaire (mid-size RNA) qui existent chez tous les eukaryotes. Leur fonction la mieux caractérisée est de servir de guide pour la modification chimique des ARN ribosomaux et ils sont donc importants pour la biogénèse des ribosomes. Cependant, bien des études récentes, dont les nôtres, démontrent un nombre grandissant de fonctions non-canoniques pour les snoRNA, dont la régulation de l’épissage alternatif, la régulation de la stabilité des transcrits, la régulation de la réponse au stress et la régulation de l’architecture de la chromatine. Pour mieux caractériser les snoRNA et leurs fonctions régulatrices, nous avons élaboré un pipeline d’analyse permettant de caractériser les snoRNA à grande échelle par transcriptomique (voir plus haut). Nous utilisons cet outil puissant pour classifier les snoRNA selon leur mode de biogénèse et pour caractériser leurs cibles régulatrices d’épissage et de stabilité. Nous caractérisons également les snoRNA dans le cancer et investiguons leur utilité comme biomarqueurs.
En plus de publications scientifiques, nous rendons les résultats de nos recherches disponibles à travers notre base de données, snoDB : http://scottgroup.med.usherbrooke.ca/snoDB/.

Réalisations représentatives

  • Création d'une équipe de recherche inter-disciplinaire spécialisée dans l’analyse, et l’amélioration des outils pour l’analyse de transcriptomique.
  • Subventions de recherche de cinq ans des Instituts de Recherche en Santé au Canada et de six ans du Conseil de Recherches en Sciences Naturelles et en Génie du Canada.
  • Identification d'un groupe de petits ARN nucléolaires dont la biogénèse et les associations protéiques diffèrent des membres canoniques.
  • Obtention d'une subvention de la Fondation Canadienne pour l'Innovation pour l'achat un séquenceur à haut-débit NextSeq500 d'Illumina et un PCR digital
  • Savoir-faire

  • Transcriptomique et bio-informatique des ARNs non-codants et de leurs cibles.
  • Analyses de biologie computationnelle et de réseaux d'interactions cellulaires pour caractériser les relations de régulation cellulaire
  • Publications